分包工程竣工结算审计是分包工程全过程跟踪审计的第三步，是对分包工程预算的终确定。分包工程预算的合理性和准确性，直接体现着分包工程的审计质量和审计成果严格复核结算工程量。对结算工程量要严格审查和准确计算，将工程量的计算及变更签证的确认作为审计重点，注意工程量的重复和多计，增强对虚假变更签证的辨别力。工程量的确定要依据施工图和业主或建设单位签发的公务通知单、设计部门的设计变更单。尤其对现场变更工程量的确认，严防只计增不计减，要把握住“在一般情况下，有增必有减”的原则，如果有增无减，就要查明原因。对野外偏僻的施工签证，要有现场各级人员的签认，否决“一言堂”签证。
这就给工程预算带来一定的难度，常见的错弊有：①项目变更时计增不计减，定额取费就高不就低，同类定额，套高不套低；定额的标准套新不套旧，取费标准乱等。②工程与金额的计算，故意错大，混淆数字、小数点后移、重复计算、故意出错等。2.2.2审计的方法与技巧采用不同的审计方法与技巧来应对预决算中的错弊达到 的审计效果。通常采用双算双审稽与核对法（全面审核法、重点审核法）。结合各工程的实际情形进行具体的审计，注意项目全面审签与重点审计相结合、审计结论通知和处理反馈相结合、企业内部自审和委托审计相结合。在具体的工程中需要审计工作人员能运用审计的各种方法与技巧，在实践中不断总结经验，提高审计水平。
工程预算通过分析各项费用指标来找出工程预算审计的突破口，准确完整的反映工程的实际造价。如对某单位一建筑项目进行审计，审计人员通过审查发现该项目与以往审计过的某幢建筑物A的设计完全想同，经过测算该项目的经济造价指标和部分材料指标均高出A建设工程，审计人员进一步审计发现该项工程多计钢材16.3t；商品砼多计128.8m3。由于上年价格指数变动不大，且使用的是同一估价本，所以审计人员在审计过程中只考虑价差问题未考虑价格上涨指数，审计人员核减工程预算合计15.78万元。
工程预算随着我国经济的迅速发展 加强了基本建设力度在取得巨大成就的同时也出现了一些值得重视的问题。如某些施工单位为了追求自身的利益，在基建工程上营私舞弊，频频出现高估冒算的现象。根据以往工作经验，进行工程决算审计常发现的问题有：多列工程项目、工程量不实、高套定额、乱取费用等问题。为了管理好并合理使用基建资金提高投资效益和维护建设方利益加强基建工程决算的审计工作非常重要。开展工程决算审计主要从以下几个方面入手。