工程预算审计主要针对工程项目决算的，在一个建设项目竣工完成，建设单位与施工单位结算工程款时进行的。工程预算审计就是工程预算审核（审价），是工程预算咨询单位咨询业务的一部分。受业主委托对其工程项目的概算、预算及结算等，依据现行 政策法规、计价依据及相关工程技术资料对送审造价的工程量、单价及取费等进行逐项审核。在运用工程量清单计价模式进行工程预算审计工作时，可以从以下几个方面来进行：
时效性是建筑工程预算的基础特性，由于事前预算和事中预算弱化，各项预算工作无法及时落实，预算结果欠缺准确性，容易在合同签订、招投标等环节集中爆发风险。预算法规体系是与预算有关的各项法律、条例、细则的整合，作为预算的基本依据，预算法规体系的完整度影响预算效率和质量。预算机关在工程预算中忽视预算法规的制定和调整，导致预算法规体系不完整，对预算对象的辨别无据可依，预算资源配置不合理，预算人员无法顺利开展工作。荆门工程预算目前对建筑工程预算的理论和实践尚未成熟，还未建立起针对建筑行业的一整套预算法规体系，预算思路落后，部分预算手段陈旧，不符合现行预算要求，在面对复杂问题时无法有效地分析和解决。要杜绝预算过程中预算人员徇私枉法、滥用职权等情况，需要健全的预算法规体系。然而我国建筑工程预算尚未具备完善的规则体系，削弱了预算报告的权威性。预算信息化建设是新时期预算工作发展的根本要求，要缓解预算人力不足矛盾，提高预算质量，就必须提升预算信息化水平。我国建筑工程预算仍停留在手工预算阶段，电算化预算进展缓慢，硬件配置滞后，没有确立电子数据预算查询、分析、取证和保密制度，在预算资源共享上还没有制定统一的标准。
工程预算工程材料费约占工程总价的60%左右材料价格的高低直接影响工程总造价。随着建筑市场材料价格的开放建筑材料的价格变化很大各种新产品工艺的不断出现使材料的定额预算价与市场价相差较大因此材料价格的审计对工程决算审计非常重要。在审计材料价格时先要确定审计材料的材料种类再审查材料的用量 审查材料价格材料价格应以当地定额站有关部门发布的主要材料市场信息价为依据或经建设单位签字认可的如无以上两种依据必须直接审查施工单位实际采购的材料发票以此来确定材料价格对于跨年度施工周期长的工程项目还应注意其材料价格应按施工当期价格套用避免产生跨期高套现象。对装饰工程中所采用的一些新型材料。
对分包工程合同履行过程的事中审计监督是分包工程全过程跟踪审计的第二步。审计的重点是分包工程量计量、施工现场变更、材料使用等审计要素工程量计量的准确性，现场签证的真实性。工程量的大小决定着分包工程的终造价，是确定分包工程预算的根本。工程量的准确性，将直接决定着分包工程的审计质量。事中审计监督就是要突出对分包工程实施过程的审计，强调变更签证工作量的现场审计。内审人员要按施工阶段定期或不定期地深入施工现场，对实际发生的工程量，进行现场丈量和取证核实，落实变更签证确认程序和内容的合理性，是否存在违规签证，虚增工程量，提高分包工程量的真实性和准确性。