工程预算在目前审计机关审计任务日益繁重 ，而审计力量相对有限的情况下 ，审计人员如何根据工程项目的实际情况选择工程预算审计方法，以便提高审计效率，又快又好地完成审计任务随着 经济快速发展及投资的增长，建设项目投资审计受到社会各界的空前重视。工程预算审计是政府投资项目审计的重要组成部分，特别在节约建设资金、提高项目管理水平方面具有显著作用。近年来，随着政府基本建设力度的加大，投资审计倍受社会各界关注，各级政府部门对投资高重视，这对审计机关和审计人员来说，既是一种鼓励，
施工单位施工过程中对技术资料的未能完整归档或有意不建档，造成建设单位在工程竣工后无法建立完整的工程资料档案并按要求报送工程结算所需资料，从而使审计工作周期拉长、风险加大。这个问题也的确存在。不过，按照一般的情况，审计周期是按提供完整的资料开始计算的。除非你自己的要求没有到位，那也怨不得别人。什么叫风险加大？是你审计费用不够用了吧？既然做了审计这个行业，就要有这个思想准备，否则人家建设单位为什么出钱给你啊！建设单位缺乏工程技术专管人员和工程技术专业知识或工程技术人员职业道德水准不高，造成工程项目施工中不合规的变更签证增多，从而使得工程预算随意增大。
工程审计是控制工程预算的有效措施，它可以提高工程资金的使用效率，对整个工程项目起到了监督检查的作用。随着经济的快速发展，我国开展的大型工程也相应的增多，工程项目审计在工程建设经济活动中起了越来越重要的作用。我国在工程审计中也相应地借鉴了国外的一些先进的技术，通过科学有效的创新管理，不断的丰富工程审计的项目和类型，推动了我国工程建设方面的重大发展。接下来我们具体讨论工程审计在工程预算控制中的有效作用。
严防利用分包工程项目之间交叉施工内容，多家分头重复计算工程预算和虚增变更签证。一个总承包工程，往往由多家分包单位施工，有些分包单位利用两个或几个单位交叉施工，或利用分包工程结算项目较多，结算力量薄弱，不清楚现场施工情况，对现场变更签证辨别力差等原因，分头多计工程量和现场变更签证，造成工程量计算重复叠加，骗取额外工程价款。分包工程材料费的审计。对分包工程材料费的审计，重点是对分包工程材料的使用情况和费用计算进行审计。掌握分包工程材料使用情况。将分包单位领用的甲供材料数量与预算分析用量及施工图纸设计量进行分析对比，严防甲供材料的超领和浪费，只有杜绝建筑材料的浪费，才能确保总承包方的经济效益。