工程预算审计以基建项目为标，包括资金来源、基建计划、前期工程、征用土地、勘察设计、施工实施的一切财务收支；工程预算审核以单位工种为标的，只对单位工程预算的合理负责。
审计与工程预算审核是两个截然不同的专业学科，审计以会计师、审计师为主；而工程预算审核以工程经济和工程技术人员为主。目前 正在实行注册造价工程师制度，今后的工程预算审核，将以造价工程师为主。
工程预算随着我国经济的迅速发展 加强了基本建设力度在取得巨大成就的同时也出现了一些值得重视的问题。如某些施工单位为了追求自身的利益，在基建工程上营私舞弊，频频出现高估冒算的现象。根据以往工作经验，进行工程决算审计常发现的问题有：多列工程项目、工程量不实、高套定额、乱取费用等问题。为了管理好并合理使用基建资金提高投资效益和维护建设方利益加强基建工程决算的审计工作非常重要。开展工程决算审计主要从以下几个方面入手。
工程预算审查结算工程量计算的准确性。根据经过多部门竣工验收而终确认的工程量和工程量计算规则，审查结算工程量的计算。工程量计算的是否准确直接影响着分包工程的计价。因此，在审查工作量时应正确划分项目，按照施工图的设计说明和 规定的计算规则计算，实事求是的反映真实工程量。审查定额子目套用和费率计取的正确性。首先，检查子目列项的名称、规格、计量单位与地区估价表是否一致，定额换算是否准确；其次，查看定额所列工程内容，检查套用的定额是否重复、高套或错套。审查取费标准或综合单价及费率与分包工程合同价格条款约定是否相符，综合费率是否准确，综合单价是否正确，套用综合单价的工程内容是否重复、交叉、错列。
保证资金合理、有效的使用，减少资金利息支出和损失；严格合同管理，作好工程索赔价款结算；强化项目法人责任制，落实项目法人对黔东南工程预算管理工作的主体地位，在法人组织内建立与造价紧密结合的经济责任制；社会咨询（监理）机构要为项目法人积极开展黔东南工程预算提供全过程、全方位的咨询服务，遵守职业道德，确保服务质量；各造价管理部门要强化服务意识，强化基础工作（定额、指标、价格、工程量、造价等信息资料）的建设，为建设黔东南工程预算的合理确定提供动态的可靠依据；各单位、各部门要组织造价工程师的选拔、培养、培训工作，促进人员素质和工作水平的提高。黔东南工程预算管理目标是：按经济规律，根据市场，利用科学管理方法和手段，合理确定黔东南工程预算和有效地控制造价。黔东南工程预算合理控制就是在建设程序的各个阶段合理确定投资估算、概算造价、承包合同价、结算价、竣工结算价。黔东南工程预算有效控制主要体现以下几个方面：以设计阶段为重点的全过程造价控制:实行设计招投标和设计方案竞选工程设计招投标的目的是：鼓励竞争，促进设计单位改进管理，采用先进技术，降低黔东南工程预算，缩短工期，以技术先进、结构合理、满足建筑节能和改善环境等为要求，整体提高投资效益。设计概算是设计文件的重要组成部分，是在投资估算的控制下由设计单位根据初步设计（或扩大初步设计）图纸及概算定额（或概算指标）、各项费用定额或取费标准（指标）、设备、材料预算价格等资料，编制和确定的建设项目从筹建至竣工交付使用所需全部费用文件。