工程预算审计主要针对工程项目决算的，在一个建设项目竣工完成，建设单位与施工单位结算工程款时进行的。工程预算审计就是工程预算审核（审价），是工程预算咨询单位咨询业务的一部分。受业主委托对其工程项目的概算、预算及结算等，依据现行 政策法规、计价依据及相关工程技术资料对送审造价的工程量、单价及取费等进行逐项审核。在运用工程量清单计价模式进行工程预算审计工作时，可以从以下几个方面来进行：
踏勘时应根据施工图纸和招标文件的内容，了解当地地方相关材料的价格、材料的来源、分布、运输的路径、运距；附近土源的情况、长治工程预算弃土点的距离；施工水电是否可以在附近租借、管线的长度；是否有进场道路、是否需要实施临时便道；是否有搭设大临设施的场地、具体的位置；施工机具的进场路径等，掌握准确的手资料。选择合理材料价的供应商。对进入施工地点的线路有多种选择的，要考虑选取一条方便、就近的原则下的线路。弃土点的选择也要在满足方便运输的前提下，运距造价小的弃土点等等。只有通过以上的选择，投标人做出的标价才会合理，才能具有竞争力 。由于现在的工程项目部分采用固定单价的形式进行报价，因此，投标人在投标前一定要对招标文件中的工程数量进行复核，对其中经计算工程数量与清单中出入较大者或通过现场踏勘及计算分析可能在施工过程中会发生较大变更者，分析其数量的变化大小、变更的趋势等，对上述项目采取不平衡报价法进行报价。这样，投标人的报价可以在保持总体水平不变的情况下，在施工过程中可能获取更大的利润空间。但是，也有业主在招标文件中明确规定要求投标人报价不允许出现太大的不平衡报价，这时投标人应按照业主要求进行报价，不可盲目采取不平衡报价。
施工企业为了增加盈余，就必须在预算造价范围内，努力改善经营管理，提高劳动生产率，降低各种消耗。因此，建筑工程预算是施工企业加强经济核算、考核工程建设成本的依据。施工企业编制施工计划和统计完成工作量的依据。施工企业对所承担的建设项目施工准备的各项计划(包括施工进度计划、材料供应计划、劳动力安排计划、机具调配计划、财务计划等)的编制，都是以批准的长治工程预算为依据的。长治工程预算有单位工程预算、单项工程预算和建设项目总预算。在单位工程预算的基础上汇总所有各单位工程长治工程预算，成为单项工程施工预算；再汇总各所有单项长治工程预算，便是一个建设项目建筑安装工程的总预算。单位工程预算包括建筑工程预算和设备安装工程预算。建筑工程预算按其工程性质分为一般土建工程预算、水暖工程预算（包括室内外给排水工程、采暖通风工程、煤气工程等）、电气照明工程预算、弱电工程预算、特殊构筑物（水塔、烟囱和工业管道工程）等。设备安装工程预算科分为机械设备安装工程预算、电气设备安装工程预算和热力安装工程预算等。
对分包工程合同履行过程的事中审计监督是分包工程全过程跟踪审计的第二步。审计的重点是分包工程量计量、施工现场变更、材料使用等审计要素工程量计量的准确性，现场签证的真实性。工程量的大小决定着分包工程的终造价，是确定分包工程预算的根本。工程量的准确性，将直接决定着分包工程的审计质量。事中审计监督就是要突出对分包工程实施过程的审计，强调变更签证工作量的现场审计。内审人员要按施工阶段定期或不定期地深入施工现场，对实际发生的工程量，进行现场丈量和取证核实，落实变更签证确认程序和内容的合理性，是否存在违规签证，虚增工程量，提高分包工程量的真实性和准确性。