工程预算竣工决算审计依据《审计法》和审计署发《基本建设竣工决算审计工作要求》进行，基建审计内容为（1）竣工决算编制依据；（2）项目建设及概（预）算执行情况；（3）建设成本；（4）交付使用资产；（5）尾工工程；（6）结余资金；（7）基建收人；（8）投资包干结余；（9）投资效益评价。主要根据 的审计法和相关规定，对建设项目竣工决算进行审计，主要审查概（预）算在执行中是否超支，超支原因，有无隐匿资金；隐瞒或截留基建收人和投资包干结余、以及以投资包干结余名义分基建投资之类的违纪行为等等。
工程预算常用的分析方法有：
（1）单方造价指标（元、/m2、元／m2、元／m……）；
（2）分部工程比例：①基础，②楼板屋面，③门窗，④围护结构等各占定额直接费的比例；
（3）各种结构比例：①砖石，②混凝土及钢筋混凝土，③木结构，④金属结构，⑤装饰，⑤土石方等各占定额直接费的比例；
（4）专业投资比例：①土建，②给排水，③采暖通风，④电气照明等各专业占总造价的比例；
（5）工料消耗指标：即钢材、木材、水泥、砂、石、砖、瓦、人工等主要工料的单方消耗指称。
工程预算的作用：
1、工程预算是项目决策的工具。在项目决策阶段，建设工程预算是项目财务分析和经济评价的重要依据。
工程预算审核过程中应把握的措施
1、建设行政主管部门要加强管理，制定更加完善的管理制度，约束造价编制人员保证编制质量。
2、造价人员要提高自身素质，尤其是作为审核人员，既要有精通的业务，还要注意工作方法，只有抓住关键，把握重要环节，才能确保工程预算的预结算审核的质量。
在预结算审核工作中应注意如下几点问题审查执行的取费表是否与工程性质相符。例如是新扩建的工程就不能套用修缮工程的计费表或装饰工程计费表。
第二、施工企业的取费级别或所属建筑类别是否与取费表的计费相符。
工程预算政府投资项目结算中的高估冒算还比较普遍， “三超”现象严重 ，通过重点抽查审计，可以发现并纠正大量违法乱纪行为，从总体上有效遏制超计划投资，节约大量的政府财政资金。这种方法的优点是审计时间短、风险小、效果好，适合对标底、专项预算和工程量清单的审计。例如，在某工程预算进行审计时，发现程项目很多，投资较大 ，如要对每个项目都进行审计，将要耗费大量的时间和精力。针对这一情况 ，审计人员在制定审计实施方案时 ，决定采用重点抽查法进行本次工程预算审计。经排查 ，发现天花进口矿棉板报价80 元/ m2，这个价格比市场上同类产品高出许多。