分包工程竣工结算审计是分包工程全过程跟踪审计的第三步，是对分包工程预算的终确定。分包工程预算的合理性和准确性，直接体现着分包工程的审计质量和审计成果严格复核结算工程量。对结算工程量要严格审查和准确计算，将工程量的计算及变更签证的确认作为审计重点，注意工程量的重复和多计，增强对虚假变更签证的辨别力。工程量的确定要依据施工图和业主或建设单位签发的公务通知单、设计部门的设计变更单。尤其对现场变更工程量的确认，严防只计增不计减，要把握住“在一般情况下，有增必有减”的原则，如果有增无减，就要查明原因。对野外偏僻的施工签证，要有现场各级人员的签认，否决“一言堂”签证。
工程预算施工阶段，合理地确定部分主材单价也是很关键的。由于新工艺与新材料的不断出现，市场材料由于品牌、质量等因素的影响，价格差异相当大，这就要求审计人员对各种工程材料的市场行情，有相当程度的熟悉。建筑材料费通常会占比工程建安造价的50～60%左右，因此合理认定材料价格非常重要。 由于定价太高而推高工程造价的情况时有发生，对工程审计与工程款支付，产生非常不利的影响。
工程预算审计主要是根据 有关法规和政策，依据 建设行政主管部门颁发的工程定额工料消耗标准、取费标准以及人工、材料、机械台班价格参数、设计图纸和工程实物量，工程预算的确认和控制进行有效的监督检查。在工程项目实施阶段，以承包合同为基础，在竣工验收后结合施工变更、工程签证的情况，作出符合施工实际的竣工造价审查结果，它是承发包双方结算的依据，也是工程决算的基础资料和依据。
工程预算工程材料费约占工程总价的60%左右材料价格的高低直接影响工程总造价。随着建筑市场材料价格的开放建筑材料的价格变化很大各种新产品工艺的不断出现使材料的定额预算价与市场价相差较大因此材料价格的审计对工程决算审计非常重要。在审计材料价格时先要确定审计材料的材料种类再审查材料的用量 审查材料价格材料价格应以当地定额站有关部门发布的主要材料市场信息价为依据或经建设单位签字认可的如无以上两种依据必须直接审查施工单位实际采购的材料发票以此来确定材料价格对于跨年度施工周期长的工程项目还应注意其材料价格应按施工当期价格套用避免产生跨期高套现象。对装饰工程中所采用的一些新型材料。